소나무재선충병은 일단 감염되면 치료가 불가능하다. 따라서 사전 예방 방제가 매우 중요하다. 

1. 주변 감염목 제거

감염목을 제거하는 것은 감염 고사목 기준으로 보면 피해 후 처리 방법이지만 주변 건강한 수목 기준으로 보면 감염원을 제거하는 가장 중요한 예방 방제이기도 하다. 매개충(솔수염하늘소) 유충은 겨울 동안 감염목 내에 있다가 5월~8월 경에 우화해서 주변 소나무를 감염시키기 때문에 주변 소나무에 재선충이 확산되는 것을 효과적으로 막기 위해서는 3월말 이전에 파쇄 혹은 소각해야 한다.(벌채 및 파쇄 기간: 11월~3월) 

※ 파쇄나 소각 이외에도 벌채한 감염목을 매립하거나 매개충 살충제 훈증 처리하는 방법 등이 있으나 주로 산림 수목에 적용하는 방법으로 생활권 수목에 적용하기는 어렵다.

2. 매개충 방제

가까운 주변에 감염목이 없더라도 매개충은 바람을 타고 날아가는 경우 3~4km까지 미칠 수 있어서 재선충병으로부터 안전하다고 할 수는 없다. 따라서 재선충병으로부터 안전을 확보하기 위해서는 추가로 매개충 방제를 시행하거나 수간주사를 하는 것이 안전하다.

매개충 방제방법은 매개충 살충제를 수관 살포하는 방법으로 매개충이 주로 소나무 상부에서 활동을 시작하는 경우가 많기 때문에 반드시 수관 상부까지 약제가 살포되어야 한다. 고압 살포기로도 수관 상부까지 미치지 않는 12m 이상의 장송일 경우 고소차나 드론 등을 이용해서 살포할 수 있다.

매개충 방제 약제의 경우 한번 살포하면 약효가 약 2~3주간 지속되므로 매개충이 활동하는 기간인 5월~10월(최성기: 6~7월)동안 2~3주 간격으로 살포해 주어야 한다.
※ 매개충 방제 약제: 티아클로프리드, 아세타미프리드, 플루피라디퓨론 등

3.  재선충 예방 수간주사

수간에 살선충제를 직접 주입하여 방제하는 방법으로, 한번 주사하면 대부분 2년~4년 동안 약효가 지속되는 것으로 확인되어서 편리하기도 하고 제대로 사용하면 효과도 좋아서 현재까지 알려진 방제 방법 중에 가장 많이 사용하는 방법이지만, 주사 방법에 따라 효율성에 차이가 있고, 주사 시 발생하는 상처로 인한 피해가 발생하기 때문에 주사 방법이나 주사제 선택 시 신중히 선택해서 하는 것이 좋다. 

※ 재선충 예방주사 약제: 아바멕틴, 에마멕틴벤조에이트 등
(최근에는 매개충 약제까지 포함된 합제를 많이 사용하고 있다.)

생활권 조경 소나무의 수간주사 시에는 방제 효율은 떨어지면서 소나무에는 피해가 큰 직접 주입식은 피하고, 주입 병을 이용한 수간주사 (주로 압력식 수간주사) 방법을 적용해야 한다. 
직접 주입식은 자재비용은 싸지만, 소나무에 큰 구멍을 깊이 뚫어서 약제를 직접 주입하는 방법으로서, 소나무에 피해를 크게 주면서도 약액 흡수효율은 줄어들어 방제 효과가 떨어진다. 

※ 주사 수량: 대부분의 약제는 흉고직경 1cm당 1ml의 약제를 적용한다. 즉 흉고직경 30cm의 경우, 5ml 용량 주사는 6개, 10ml 용량 주사의 경우 3개가 필요하다. 단 수목의 상태에 따라 주입 량은 조정될 수 있다. 

⁑ 참고자료: